آدرس ایمیل خود را وارد نمایید
ثبت
پیام خود را بنویسید
جلد 14، شماره 1 - ( فصلنامه بيماري‌هاي پستان ايران 1400 )
جلد 14 شماره 1 صفحات 63-49 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Darzi M, Gorgin S, Majidzadeh-A K, Esmaeili R. Identification of Prognostic Genes in Her2-enriched Breast Cancer by Gene Co-Expression Net-work Analysis. ijbd 2021; 14 (1) :49-63
URL: http://ijbd.ir/article-1-880-fa.html
URL: http://ijbd.ir/article-1-880-fa.html
درزی محمد، گرگین سعید، مجیدزاده کیوان، اسمعیلی رضوان. شناسایی ژن های مرتبط با پیش آگهی در سرطان پستان Her2-enriched با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه هم بیانی ژنی. بیماری‌های پستان ایران. 1400; 14 (1) :49-63
محمد درزی1 
، سعید گرگین1 ، کیوان مجیدزاده2 ، رضوان اسمعیلی 3
، سعید گرگین1 ، کیوان مجیدزاده2 ، رضوان اسمعیلی 3
1- پژوهشکده برق و فناوری اطلاعات، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران
2- دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
3- دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران ، esmaeili.rezvan@gmail.com
2- دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
3- دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران ، esmaeili.rezvan@gmail.com
چکیده: (3307 مشاهده)
مقدمه: زیرگروه Her2-enriched در سرطان پستان پیش آگهی بدتری نسبت به زیرگروه های لومینال دارد. و اخیرا کشف درمان های هدفمند در سایر گروه های سرطان پستان منجر به افزایش بقاء بیماران شده است. هدف این مطالعه شناخت ژن های موثر در بقای کلی این دسته از بیماران مبتنی بر زیست شناسی سامانه ای است.
روش بررسی: مجموعه داده های بیان ژن و اطلاعات بالینی 58 بیمار مبتلا به زیرگروه Her2-enriched از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه همبیان ژنی وزندار، ماژول های هم بیان شناسایی شدند. به منظور شناسایی ماژول های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تکژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن های معنی دار با استفاده از ابزار DAVID مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند.
یافته ها: از میان شش ماژول هم بیان شناسایی شده، دو ماژول به طور معنی دار با پیش آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند. بر مبنای آنالیز بقای تکژنی، 39% از ژن های ماژول منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه معناداری با مسیرهای زیستی "Ubiquitin mediated proteolysis" و "RNA degradation" داشتند. ژن های CHAMP1، PPP1R26، PRRC2B، KANSL3 و ANAPC2 به ترتیب به عنوان 5 ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن ها در مسیرهای مرتبط با تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آنها در سرطان است.
نتیجه گیری: رویکرد زیست شناسی سامانه ای می تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن هایی شناسایی شدند که می توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش آگهی دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her2-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.
روش بررسی: مجموعه داده های بیان ژن و اطلاعات بالینی 58 بیمار مبتلا به زیرگروه Her2-enriched از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه همبیان ژنی وزندار، ماژول های هم بیان شناسایی شدند. به منظور شناسایی ماژول های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تکژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن های معنی دار با استفاده از ابزار DAVID مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند.
یافته ها: از میان شش ماژول هم بیان شناسایی شده، دو ماژول به طور معنی دار با پیش آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند. بر مبنای آنالیز بقای تکژنی، 39% از ژن های ماژول منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه معناداری با مسیرهای زیستی "Ubiquitin mediated proteolysis" و "RNA degradation" داشتند. ژن های CHAMP1، PPP1R26، PRRC2B، KANSL3 و ANAPC2 به ترتیب به عنوان 5 ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن ها در مسیرهای مرتبط با تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آنها در سرطان است.
نتیجه گیری: رویکرد زیست شناسی سامانه ای می تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن هایی شناسایی شدند که می توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش آگهی دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her2-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.
واژه‌های کلیدی: سرطان، زیست شناسی سامانه ای، شبکه های وزندار، شبکه های هم بیانی، Her2-enriched، WGCNA
متن کامل [PDF 1694 kb]
(1882 دریافت)
نتیجه گیری: رویکرد زیست شناسی سامانه ای می تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن هایی شناسایی شدند که می توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش آگهی دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her2-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.
نوع مطالعه: پژوهشي |
دریافت: 1399/11/11 | پذیرش: 1400/1/17 | انتشار: 1400/3/15
دریافت: 1399/11/11 | پذیرش: 1400/1/17 | انتشار: 1400/3/15
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
